Prva fudbalska lopta u Jagodini zakotrljala se 1906. godine kada ju je iz Beča doneo Sreten Adžić, osnivač i direktor Muške Učiteljske škole.

Na inicijativu Milana Trifunovića i nekoliko bivših srpskih ratnika – povratnika iz inostranstva osnovan je FK “Zora” 1919. godine.

Pri povratku iz Skoplja kući, Josip Baner brat Franca Banera (doneo drugu loptu u Jagodinu) dolazi na ideju da organizuje prvu zvaničnu fudbalsku utakmicu u Jagodini. Protivnik FK Zore bio je kombinovani tim FK Jugoslavije i FK BSK-a, koji je FK Zora dobio sa čak 6:0 pred oko 200 gledalaca. 1921. godine FK Zora se gasi ali nastaje SK “Sparta” koja u sezoni 1922/23. igra prvenstvo Šumadijske župe i iste sezone osvajaju prvo mesto. Kasnije od SK Sparte tokom 1921. godine nastaje JSK “Budućnost”, čiji je rad bio zabranjen tokom 1923. godine.

1926. godine formira se JSK “Daca”, a 1928. godine JSK “Hajduk” i JSK “Tomislav”, koji se 1932. godine gase, a iste godine osnovan je novi fudbalski klub JSK “Sloga” koji se ubrzo gasi. U jesen 1935. godine osniva se “JSK” (Jagodinski sportski klub).

1938. godine osniva se JSK “Radnički” koji je u jesen 1940. godine ukinut.U ratnom periodu od 1941-1945. godine “JSK” je bio jedan od najjačih timova u okupiranoj Jugoslaviji, kada je 1943. godine odigrao 45 utakmica i pobedio na 32 uz 3 nerešena ishoda i zauzeo 1. mesto Moravičke župe. U kvalifikacijama za ulazak u državnu ligu Srbije pobedio je SK “Šumadiju” iz kragujevca. Poslednja utakmica odigrana je 25. maja 1944. godine savladavši SK “Karađorđe” iz Paraćina rezultatom 1:0.

Na dan pobede 9. maja 1945. godine osniva se SD “Polet” koji se takmiči u prvenstvu Moravskog okruga. Krajem 1946. menja ime u FK “Nikčević” (po partijskom funkcioneru).

Najveći uspeh kluba bio je ulazak 1/16 finala Kupa Jugoslavije 1947. godine. FK “Nikčević” 1949. godine menja ime u FK “Sloga” takmiči se u ligi Kragujevačkog podsaveza. Menja ime u FK “Mladost” 1951. godine, a u sezoni 1954/55. postaje FK “Morava”.

Paralelno sa razvojem prvobitnog kluba, u Jagodini se 1948. godine osniva još jedan klub – FK “Mladi radnik”, koji menja ime u FK “Jedinstvo” 1952. godine.

1952. godine osniva se i FK “Svetozarevo” koji menja ime u FK “Kablovi”, zbog novootvorene fabrike kablova.

Fuzijom tri kluba FK Morava, FK Jedinstvo i OFK Kablovi (svi iz tadašnjeg Svetozareva), nastaje FK JAGODINA 14. oktobra 1962. godine.

Kapacitet prvobitnog stadiona, izgrađenog 1958. godine, bio je 20.000 gledalaca.

Do 2012. godine završen je moderan stadion predviđen i za noćne susrete sa kapacitetom od 10.000 mesta, licenciran i za UEFA takmičenja. Boja dresova je plava i bela.

FK Jagodina je igrao 5 sezona u Srpskoj ligi i bezuspešno pokušavao da pređe u viši rang takmičenja. Posle “izleta” u najniže lige Srbije vraća se u viši rang u sezoni 2006/07. i ulazi u Telekom prvu ligu.

Tada su najveći uspesi kluba su ulazak u 2. ligu (4. zona) 1957/58. godine, ulazak u 1.B ligu u sezoni 1993/94 i ulazak u Prvu ligu ’’Telekom Srbija’’ u sezoni 2007/2008 i najveći dosadašnji uspeh ulazak u Meridijan Superligu Srbije u sezoni 2008/2009.

Čuvene 2013. godine klub stiže do največeg uspeha u istoriji Pomoravskog okruga – osvajanja Kupa Srbije.

U sezoni 2015/16 klub ispada iz elitnog ranga domaćeg fudbala Super lige, da bi dve godine kasnije izgubio mesto i u rangu ispod – Prvoj lige Srbije. Trenutno se takmiči u Srpskoj ligi Istok.

Najpoznatiji igrači koji su igrali za FK Jagodinu su : Jovica Nikolić (igrao za Olimpijski tim u Americi sa kojim je 1984. godine osvojio bronzanu medalju, FK C. Zvezdu, bio reprezentativac Jugoslavije), Zvonko Milojević (FK C. Zvezdu, bio reprezentativac Jugoslavije i internacionalac u Belgiji), Svetozar Andrejić (član FK Crvena Zvezda i Čelik Zenica), Vladimir Joksić ( FK Napredak Kruševac, FK Galenika, FK Bor), Radoslav Nikodijević (FK Partizan, internacionalac u Švedskoj i Grčkoj) Miroslav Marković (igrao za FK Sloboda iz Tuzle, FK Partizan), Stevan Balov.