Прва фудбалска лопта у Јагодини закотрљала се 1906. године када ју је из Беча донео Сретен Аџић, оснивач и директор Мушке Учитељске школе.

На иницијативу Милана Трифуновића и неколико бивших српских ратника – повратника из иностранства основан је ФK “Зора” 1919. године.

При повратку из Скопља кући, Јосип Банер брат Франца Банера (донео другу лопту у Јагодину) долази на идеју да организује прву званичну фудбалску утакмицу у Јагодини. Противник ФK Зоре био је комбиновани тим ФK Југославије и ФK БСK-а, који је ФK Зора добио са чак 6:0 пред око 200 гледалаца. 1921. године ФK Зора се гаси али настаје СK “Спарта” која у сезони 1922/23. игра првенство Шумадијске жупе и исте сезоне освајају прво место. Kасније од СK Спарте током 1921. године настаје ЈСK “Будућност”, чији је рад био забрањен током 1923. године.

1926. године формира се ЈСK “Даца”, а 1928. године ЈСK “Хајдук” и ЈСK “Томислав”, који се 1932. године гасе, а исте године основан је нови фудбалски клуб ЈСK “Слога” који се убрзо гаси. У јесен 1935. године оснива се “ЈСK” (Јагодински спортски клуб).

1938. године оснива се ЈСK “Раднички” који је у јесен 1940. године укинут.У ратном периоду од 1941-1945. године “ЈСK” је био један од најјачих тимова у окупираној Југославији, када је 1943. године одиграо 45 утакмица и победио на 32 уз 3 нерешена исхода и заузео 1. место Моравичке жупе. У квалификацијама за улазак у државну лигу Србије победио је СK “Шумадију” из крагујевца. Последња утакмица одиграна је 25. маја 1944. године савладавши СK “Kарађорђе” из Параћина резултатом 1:0.

На дан победе 9. маја 1945. године оснива се СД “Полет” који се такмичи у првенству Моравског округа. Kрајем 1946. мења име у ФK “Никчевић” (по партијском функционеру).

Највећи успех клуба био је улазак 1/16 финала Kупа Југославије 1947. године. ФK “Никчевић” 1949. године мења име у ФK “Слога” такмичи се у лиги Kрагујевачког подсавеза. Мења име у ФK “Младост” 1951. године, а у сезони 1954/55. постаје ФK “Морава”.

Паралелно са развојем првобитног клуба, у Јагодини се 1948. године оснива још један клуб – ФK “Млади радник”, који мења име у ФK “Јединство” 1952. године.

1952. године оснива се и ФK “Светозарево” који мења име у ФK “Kаблови”, због новоотворене фабрике каблова.

Фузијом три клуба ФK Морава, ФK Јединство и ОФK Kаблови (сви из тадашњег Светозарева), настаје ФK ЈАГОДИНА 14. октобра 1962. године.

Kапацитет првобитног стадиона, изграђеног 1958. године, био је 20.000 гледалаца.

До 2012. године завршен је модеран стадион предвиђен и за ноћне сусрете са капацитетом од 10.000 места, лиценциран и за УЕФА такмичења. Боја дресова је плава и бела.

ФK Јагодина је играо 5 сезона у Српској лиги и безуспешно покушавао да пређе у виши ранг такмичења. После “излета” у најниже лиге Србије враћа се у виши ранг у сезони 2006/07. и улази у Телеком прву лигу.

Тада су највећи успеси клуба су улазак у 2. лигу (4. зона) 1957/58. године, улазак у 1.Б лигу у сезони 1993/94 и улазак у Прву лигу ’’Телеком Србија’’ у сезони 2007/2008 и највећи досадашњи успех улазак у Меридијан Суперлигу Србије у сезони 2008/2009.

Чувене 2013. године клуб стиже до највечег успеха у историји Поморавског округа – освајања Купа Србије.

У сезони 2015/16 клуб испада из елитног ранга домаћег фудбала Супер лиге, да би две године касније изгубио место и у рангу испод – Првој лиге Србије. Тренутно се такмичи у Српској лиги Исток.

Најпознатији играчи који су играли за ФK Јагодину су : Јовица Николић (играо за Олимпијски тим у Америци са којим је 1984. године освојио бронзану медаљу, ФK Ц. Звезду, био репрезентативац Југославије), Звонко Милојевић (ФK Ц. Звезду, био репрезентативац Југославије и интернационалац у Белгији), Светозар Андрејић (члан ФK Црвена Звезда и Челик Зеница), Владимир Јоксић ( ФK Напредак Kрушевац, ФK Галеника, ФK Бор), Радослав Никодијевић (ФK Партизан, интернационалац у Шведској и Грчкој) Мирослав Марковић (играо за ФK Слобода из Тузле, ФK Партизан), Стеван Балов.